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Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。 DeLanoScientific LLC是一个私人的软件公司，它致力于创造让普遍的科学与教育社群都能取得的好用软件工具。
Aug 31, 2023 · 遇到同样的问题，网上的好多办法尝试了，重装了好几次还是不行，请问楼主解决了吗. 发布于 2024-05-08 00:50. 魔王叮当响 . 湖北工业大学 药物化学硕士. 提供windows离线安装包： 下载 解压缩，点击pymol.vbs即可使用pymol（开源版本）. 发布于 2023-08-31 13:54. 安装文件 ...
Jul 2, 2019 · 默认排序. 知乎用户. 今天搜到一种更方便的办法，不需要每次打开pymol都关OpenGL选项：. 创建一个新文件，命名为pymolrc（无后缀，不是txt格式）；. 用文本编辑器打开pymolrc，输入set precomputed_lighting；. 将pymolrc文件复制到PyMOL的安装路径下（与PyMOL.exe程序同一路径 ...
pymol开源版按照描述操作安装完成后打不开，大概率是因为显卡的问题，可以在设备管理器中找到显示适配器，右键禁用除了NVIDIA以外的显卡，应该就可以打开了，最后别忘了用完pymol以后再启用禁用掉的显卡。
Dec 7, 2023 · 步骤六：保存 PyMOL 会话. 如果你满意显示效果，可以保存 PyMOL 会话，以便将来重新加载。. 通过遵循这些步骤，你应该能够在 PyMOL 中可视化并保留 AlphaFold 结构数据的置信度信息。. 请注意，确保你的 AlphaFold 结构数据文件中包含 B 等值信息。. 如果不包含，你 ...
Pymol有各种显示颜色的方案，我们这次会利用其能够根据b-factor上色的功能。. Pymol操作为：color选项 >> spectrum >> b-factors. 我们第一步要生成一个9x9x9的格子。. 运用了numpy中的meshgrid方法。. 下一步我们要写一个方法，其能够将刚生成的格点坐标和我们想要的“b-factor ...
PyMOL支持展示三维结构模式有cartoon，lines，sticks，mesh、surface、ribbon、dots、spheres等，可以根据需要来选择。. 目前来说，论文中使用最多的是cartoon模式。. 下面将以cartoon模式为例讲解，其他模式的操作也是相似的。. 在右侧菜单栏中选择S（Show）→as→cartoon.
下载下来蛋白: 选择所有赖氨酸: select resn lys. 选择完所有赖氨酸之后就可以在sele中显示你想要的形式了。. 比如: color blue, sele 将所有赖氨酸变成蓝色. 或者: show lines,sele 将所有赖氨酸变成线. 总之最关键的是知道用select resn lys命令选择氨基酸残基. 发布于 2023-10-31 ...
PyMOL是一款基于Python语言的三维结构可视化软件，非常简单实用。. 2019年，第一次接触和使用这款软件，现在将自己安装和使用的过程总结分享出来，希望能对大家有些许帮助。. 过程我尽量…. 1. 导出PDB文件 1.1 小分子_蛋白.pdb 将小分子配体merge到蛋白受体中 ...
怎么用pymol计算小分子的表面积？. 新进实验室的小白对pymol完全不懂，实验室师兄师姐都是做实验，求助无门，各位大神救救孩子吧！. 显示全部 . 关注者. 2. 被浏览.
