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Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。 DeLanoScientific LLC是一个私人的软件公司，它致力于创造让普遍的科学与教育社群都能取得的好用软件工具。
Aug 31, 2023 · 遇到同样的问题，网上的好多办法尝试了，重装了好几次还是不行，请问楼主解决了吗. 发布于 2024-05-08 00:50. 魔王叮当响 . 湖北工业大学 药物化学硕士. 提供windows离线安装包： 下载 解压缩，点击pymol.vbs即可使用pymol（开源版本）. 发布于 2023-08-31 13:54. 安装文件 ...
Jul 2, 2019 · 默认排序. 知乎用户. 今天搜到一种更方便的办法，不需要每次打开pymol都关OpenGL选项：. 创建一个新文件，命名为pymolrc（无后缀，不是txt格式）；. 用文本编辑器打开pymolrc，输入set precomputed_lighting；. 将pymolrc文件复制到PyMOL的安装路径下（与PyMOL.exe程序同一路径 ...
pymol开源版按照描述操作安装完成后打不开，大概率是因为显卡的问题，可以在设备管理器中找到显示适配器，右键禁用除了NVIDIA以外的显卡，应该就可以打开了，最后别忘了用完pymol以后再启用禁用掉的显卡。
Dec 7, 2023 · 步骤六：保存 PyMOL 会话. 如果你满意显示效果，可以保存 PyMOL 会话，以便将来重新加载。. 通过遵循这些步骤，你应该能够在 PyMOL 中可视化并保留 AlphaFold 结构数据的置信度信息。. 请注意，确保你的 AlphaFold 结构数据文件中包含 B 等值信息。. 如果不包含，你 ...
Pymol有各种显示颜色的方案，我们这次会利用其能够根据b-factor上色的功能。. Pymol操作为：color选项 >> spectrum >> b-factors. 我们第一步要生成一个9x9x9的格子。. 运用了numpy中的meshgrid方法。. 下一步我们要写一个方法，其能够将刚生成的格点坐标和我们想要的“b-factor ...
PyMOL支持展示三维结构模式有cartoon，lines，sticks，mesh、surface、ribbon、dots、spheres等，可以根据需要来选择。. 目前来说，论文中使用最多的是cartoon模式。. 下面将以cartoon模式为例讲解，其他模式的操作也是相似的。. 在右侧菜单栏中选择S（Show）→as→cartoon.
下载下来蛋白: 选择所有赖氨酸: select resn lys. 选择完所有赖氨酸之后就可以在sele中显示你想要的形式了。. 比如: color blue, sele 将所有赖氨酸变成蓝色. 或者: show lines,sele 将所有赖氨酸变成线. 总之最关键的是知道用select resn lys命令选择氨基酸残基. 发布于 2023-10-31 ...
PyMOL是一款基于Python语言的三维结构可视化软件，非常简单实用。. 2019年，第一次接触和使用这款软件，现在将自己安装和使用的过程总结分享出来，希望能对大家有些许帮助。. 过程我尽量…. 1. 导出PDB文件 1.1 小分子_蛋白.pdb 将小分子配体merge到蛋白受体中 ...
Mar 5, 2017 · pymol好像不做这类标记。pymolwiki中这样说： the bottom line is that PyMOL merely offers up putative polar contacts and leaves it to the user to determine whether or not the interactions present are in fact hydrogen bonds, salt bridges, polar interactions, or merely artifacts of incorrect assignments (i.e. two carbonyls hydrogen bonding because they're being treated like hydroxyls).
